故事以明治时代为舞台，随着文明开化，使得日本进入前所未有的改革期。无法接受这些改变人便因此四处作乱，这些罪犯被捕后，全部都囚禁在琵琶湖的“狱门处”。故事以负责监狱摆渡人工作的“昙家三兄弟”为中心。未解之谜相互交错，随着一件件发生事故，将渐渐解开神秘的面纱。