1943年，侯云德考入江苏省立常州中学。
1948年09月至1955年03月，侯云德本科就读于同济大学医学院医本科。
1956年至1957年，侯云德就读于北京俄语学院留苏预备部。
1958年11月至1962年04月，侯云德博士就读于苏联医学科学院病毒学研究所病毒学。
1962年04月至1973年05月，侯云德任中国医学科学院病毒学研究所肝炎病毒研究室主任，助理研究员。
1973年05月至1989年09月，侯云德任中国医学科学院病毒学研究所（中国预防医学科学院）感冒气管炎研究室主任。
1973年06月至1995年06月，侯云德任中国预防医学科学院病毒学研究所病毒基因工程国家重点实验室主任。
1984年09月至1985年09月，侯云德任中国医学科学院病毒学研究所副所长。
1985年09月至1997年09月，侯云德任中国预防医学科学院病毒学研究所所长。
1986年至1996年，侯云德任中国第一至第三届“863”高技术研究发展计划生物技术领域专家委员会首席科学家。
1994年06月至1998年06月，侯云德任中国工程院医学卫生工程学部主任。
1994年，侯云德当选为中国工程院院士（首批）。
1996年至1999年，侯云德任中华医学会病毒学会主席。
1998年6月至2004年6月，侯云德任中国工程院副院长。
1999年，侯云德任病毒生物技术国家工程研究中心主任。
1999年1月，侯云德任中国疾病控制中心病毒病预防控制所国家新甲型HIN1流感大流行联防联控机制专家委员会主任。
1999年1月，侯云德任中国疾病控制中心病毒病预防控制所病毒生物技术工程研究中心主任，研究员。
2020年4月，担任温州医科大学病毒研究院名誉院长。
侯云德
侯云德自幼家境贫苦，10岁就从事家庭副业，靠半工半读上学，又摆过摊，捕过鱼，养过鸡，但他发奋求学。12岁时以全校第一的优异成绩毕业于凯乐小学。
侯云德是中国分子病毒学的先驱和奠基人之一，是中国基因工程药物的开创者，是中国现代医药生物技术产业的引领者和奠基人，也是中国现代传染病综合防控技术体系的总设计师 。（中国疾病预防控制中心 评）
侯云德既是战略决策者，也是战术实施者；每当重大疫情来临时，侯云德扮演的都是守在“火山口”上的角色，准确把握疫情走向，提出最佳应对方案 。（科技日报 评）
侯云德是一位科学家，更是一名战略科学家。他的很多科研成果和举措，在当时都是具有前瞻性和开创性的，并且影响深远 。（人民网 评）
侯云德能够做出方向性的判断，靠的不是拍脑门，而是长期以来扎实的积累 。（侯云德学生金奇 评）