在马琳入选中国队两年后，他的父母相继下岗。为了不影响马琳在中国队的训练，夫妻俩决定暂时对他保密。马琳父母向亲戚借了几万元，在市区里开了一家小饭馆，为了节省开支，他们既当老板，又当服务员，每天都累得腰酸背痛。
1992年，汕头一位民营企业家出资赞助组建汕头市乒乓球学校和少年乒乓球队，主教练就是刘铭水。第二年，全国少年赛上，马琳及另外几名选手均被引进到汕头，汕头队还从全国其他地方引进了多名小选手，包括刘国正、谭瑞午、张钰、李潮、丁颖。
刘铭水教练说，汕头市乒乓球学校一名运动员的训练时间至少是一天7个小时，训练量大概要比其它地区的运动员多出1/3。而马琳的训练态度非常认真，尤其是备战广东省九运会期间，训练量大，训练时间长。采用直板打法的马琳除了苦练发球外，更苦练多球来回，这需要大范围的跑动，所以他练得相当刻苦，一周就练坏一双运动鞋。
1994年，在广东省运会上，马琳一口气为汕头队拿下乒乓球单打、双打和团体3枚金牌。后来，14岁的马琳在全国青少年比赛中就夺得了他人生中第一个男单冠军。在那场比赛中，他被蔡振华教练相中，开始了他的国家队生涯。
马琳是直板反胶打法，手感好，步法快，算计周密。其前三板技术当今乒坛无人能出其右，发球变化多，迷惑性强，往往能够创造抢攻机会;台内挑打既能挑直线，又能挑斜线，尤其是侧身一板暴挑质量很高;正手快带技术纯熟。马琳标志性的侧身暴冲是其最主要的得分手段。马琳的反手以推挡结合直板横打为特点，在与对手反手周旋时配合一板侧切能够有效的打乱对方的节奏，并随时侧身用正手暴冲解决战斗。
2011年8月27日晚，在苏州公开赛期间，国际乒联主席沙拉拉为2010年度入驻名人堂的中国运动员颁发银盘。马琳入选国际乒联名人堂。
2021年9月，马琳友情出演的乒乓球题材电视剧《夺金》登陆CCTV-8。其中，马琳出演北京队的主力球员、世界冠军张志红
在比赛中，无论是领先，还是落后，马琳给人一种非常难缠的感觉，始终让你非常头疼。他的战术变化、心理素质在国家队队员中是最强的。他正是依靠这些过人的本事，拿到了今天的这些成绩。我们两个一直在相互促进、相互提高，思想上一刻也没有放松。正因为有了一个强大的对手，才能督促自己不断向前发展。（队友王励勤）
马琳是个非常不容易的队员。马琳是那种想的很多的人，对冠军很要的人，但是相比王皓，马琳大气不足。马琳是个想的很细的人，有时候他可能比我们教练组都要想得多。所以在管理马琳的过程中是非常有意思的，感觉你是在和他博弈，某种程度上需要教练和他斗智斗勇，得有点水平，有些技巧。有些话是要点给他，有些话是要刺激他的。（教练刘国梁评）