1963年6月，吴尊友出生在安徽省黄山市的农村。
1980年，参加高考，考上了安徽医科大学卫生系。
1980年—1985年，本科就读于安徽医科大学。
1985年—1988年，硕士就读于安徽医科大学。
1988年，毕业后进入安徽省防疫站工作。
1989年，通过安徽省防疫站选拔，并在两年后拿到了名额，去往加州大学洛杉矶分校攻读流行病与卫生统计博士学位。
1991年—1992年，硕士就读于加州大学洛杉矶分校（UCLA）公共卫生专业。
1992年—1995年，博士就读于加州大学洛杉矶分校流行病学专业。
1995年，博士毕业回国后开始从事防治艾滋病工作。
1995至1997年，在中国预防医学科学院病毒学研究所博士后科研流动站从事博士后研究工作，合作导师是曾毅。
1996年，和同事们策划了中国第一个在娱乐场所的防控艾滋病行为干预试点。
1997年，首次尝试向社区的吸毒者介绍安全注射方法和发放一次性注射器。同年，组织了中国第一个高危人群干预研讨班。
1998年—2002年，任民进中央科技医卫委员。
1999年，在中国开展防控艾滋病针具交换试点。
2003年，参与“非典”防治工作。
2003年—2007年，任民进中央社会法制分委会，副主任。
2005年，任中国疾控性病艾滋病预防控制中心主任。
2006年6月，任民进宣武区工委主任。同年，进入加州大学洛杉矶分校“名人堂”。
2017年4月，任中国疾病预防控制中心流行病学首席专家。
2020年1月，参与中国新冠肺炎疫情防控的一线工作； 9月8日，出席央视《新闻1+1》节目； 12月18日，入选《2020中国品牌人物500强》榜单第68位； 12月31日，应邀出席北京市科学技术协会主办的“2021科学跨年之夜”节目。
2021年12月30日，出席网易经济学家年会，并对新冠新毒株奥密克戎、春节防控政策等问题做了解答。
吴尊友照片亲力亲为
2020年6月24日，吴尊友前往位于朝阳区的一处隔离点做流调，访了三个刚出院到隔离点康复观察的关键病例，每个病例都需要访谈约一个小时。尽管他们已经对病例间的关系都很清楚，但仍然怕有信息遗漏。因此，吴尊友详细询问了这三个病例的相关信息，比如卖什么货物，进货的渠道是什么，进货渠道有无变更过，“甚至细到比如他们平常都在里面坐哪部电梯”等问题。
坚持锻炼
工作之外，吴尊友坚持锻炼身体。比如酷爱打羽毛球，这是他每周定期完成的一项锻炼活动，哪怕是坐国际航班刚回到北京，他也不倒时差就到场地去打羽毛球。 吴尊友打羽毛球
镜头前，他（吴尊友）普及疫情防控知识，回应群众关切；镜头外，他奋战在疫情防控和溯源一线，遍访武汉、北京、喀什、绥化……从事传染病防控30多年，吴尊友数次直面病毒和危险，只为当好百姓的健康“守门人”。吴尊友为中国艾滋病防治作出重大贡献。吴尊友及时宣传新冠肺炎疫情防控知识，将科技界对新冠肺炎的认识及时科普给民众，转化为人民的抗疫力量。（《团结报》评）
吴尊友作为人民生命健康的忠诚卫士，将“人民至上、生命至上”视作崇高理念，用自己的努力和付出，认真守护人民群众的身体健康和生命安全。吴尊友研究员胸怀祖国、情系人民、兢兢业业、恪尽职守，以自己的实际行动为我们诠释了新时代科学家精神，践行了将科研论文写在人民健康上的初心和使命，为传染病防控工作者将科学研究和防治工作实践相互融合、相互促进、共同发展树立了榜样。他直面威胁人民生命安全的新冠肺炎和艾滋病等重大传染性疾病，以高度的责任心和使命感，深入一线开展科学研究和防治工作实践，为保障人民健康发挥了关键技术核心专家作用。他是新时代疾控人的楷模和典范，是疾控人的骄傲，更是我们学习的榜样！我们要学习他不懈拼搏的爱岗敬业精神、孜孜不倦的科学探索精神，不断提高业务本领，不断强化将科学理论知识与防治工作实践相结合的能力，做好艾滋病、丙肝和性病等传染病防控工作，为人民群众健康保驾护航，为健康中国战略贡献力量。（中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心人事党群办厉成梅评）
吴尊友为中国禁毒和控制吸毒引发艾滋病问题作出了贡献。（国家禁毒办评）
“他在21世纪初就成为我国艾滋病防控的关键人物，其后几乎从不缺席任何一场传染病防控战役。新冠疫情暴发两年多以来，他背负着重担，为决策层提供科学参考，为大众科普知识。新冠疫情让他的名字家喻户晓，但他期待着和疫情退出公众视线的那一天，彼时当是疫情散去，岁月静好。”（“中国慈善家2021年度人物”颁奖词）
吴尊友在上学时学习成绩算不上拔尖，但是他不管是生活还是学习都很执著。吴尊友也赶潮流，在20世纪80年代刚刚时兴的喇叭裤，就买了来穿。（大学室友安徽医科大学公共卫生学院副院长张承业评）