1936年10月20日，钟南山出生于南京， 父亲钟世藩是中国儿科专家，母亲廖月琴则是广东省肿瘤医院的创始人之一。
1953年，就读于华南师范学院附属中学（现已演变成两所学校广东实验中学、华南师范大学附属中学）。
1960年，毕业于北京医学院（现北京大学医学部）并留校任教。
1960年7月至1971年8月，担任北京医学院（现北京大学医学部）放射医学教研组助教。
1971年9月至1974年4月，担任广州医学院第一附属医院内科住院医师。
1974年4月至1978年8月，担任广州医学院第一附属医院内科主治医师。
1978年9月至1982年12月，担任广州医学院第一附属医院内科副主任医师、讲师。
1979年至1981年，赴英国爱丁堡大学医学院及伦敦大学呼吸系进修。
1983年1月至1986年12月，担任广州医学院副教授（于1985年后被指定为中央领导保健医生）。
1986年12月至1995年，担任广州医学院呼吸内科教授、硕士生导师。
1987年12月至1992年10月，担任广州医学院第一附属医院院长。
1992年5月至2002年12月，钟南山担任广州医学院院长、党委书记。
1995年8月，担任北京大学医学部呼吸内科教授、博士生导师。
1995年10月至1996年10月，公派到加拿大蒙特利尔市麦吉尔大学 访问学者。
1996年5月，当选为中国工程院院士。
1997年12月至1999年12月广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所 主任医师。
1999年12月至2012年10月广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所 教授/副所长。
1998年6月，任中国工程院医药卫生工程学部副主任。
2003年，“非典”爆发，以钟南山为代表的医护工作者经长期努力，抗击了非典。
2004年，被评为“感动中国2003年度”十大人物之一。
2005年4月13日，当选中华医学会第23届会长。
2007年，获英国爱丁堡大学荣誉博士学位。
2007年10月，担任呼吸疾病国家重点实验室主任。
2009年7月，担任贵州医科大学名誉院长。
2009年9月10日，被评为“100位新中国成立以来感动中国人物”。
2010年，获澳门科技大学荣誉博士学位。
2012年10至2013年7月，任广州医学院附一院广州呼吸疾病研究所教授/常务副所长。
2014年，获颁香港中文大学荣誉理学博士学位。
2020年1月20日，国家卫健委高级别专家组召开发布会，钟南山任专家组组长。
2020年1月21日，新型冠状病毒联防联控工作机制科研攻关组第一次会议，钟南山任组长。
2020年9月3日，世卫组织新冠肺炎疫情应对评估专家组共同主席在成员国吹风会上宣布了专家组成员名单，钟南山入选。
第十一、十二届全国人大代表，第八、九、十届全国政协委员 。
2021年4月6日，厦门大学敦聘钟南山院士为杰出访问教授 。
2021年11月，受应急管理部消防救援局的邀请，“共和国勋章”获得者、中国工程院院士钟南山担任“中国消防宣传公益使者”。
2021年7月27日，深圳市人民医院聘请钟南山院士任呼吸疾病研究所荣誉所长。
1997年，钟南山当选为中共十五大代表。
钟南山先后受聘为世界卫生组织医学顾问、国际胸科协会特别会员、亚太分会理事。现任中华医学会顾问、广州呼吸疾病研究所所长、广州医学院院长、广州市科协主席、广东省科协副主席、香港中文大学（深圳）理事会成员等职 。
兼任中华医学会理事和广东、广州分会副会长、中华医学会呼吸学会副主任委员等职。
2020年8月，担任中国医疗医药应急保障体系联盟名誉理事长。
2020年8月，入选为国家卫生健康委第二届罕见病诊疗与保障专家委员会顾问。
2022年5月25日，钟南山当选为中共二十大代表。
2020年11月30日，84岁的钟南山院士参加澳门科技大学20周年校庆，并在典礼上说：“作为‘80后’，希望30周年时我也能来！”与澳科大定下十年之约。
2021年10月1日，应邀参演中央广播电视总台的《中国梦·祖国颂——2021国庆特别节目》。
2021年11月，出席在广州越秀国际会议中心举行的2021年全球市长论坛全体大会并作专题演讲。
2021年11月，钟南山率南山名医团再登广州日报名医大讲堂，教人们防治慢阻肺。
2021年12月15日，“2021中国家庭健康大会”在北京举行，大会还宣读了共和国勋章获得者、中国工程院院士、著名呼吸病学专家钟南山《致广大家庭的一封信》。
2021年12月18日，钟南山出席2021金域医学学术委员会年会作报告，回顾了从去年1月初新冠肺炎疫情早期到如今的中国疫情防控经验，他指出中国疫情防控工作有“两板斧”：一个是“四早”防控措施，另一个就是疫苗的全民接种。