1984年，龚慈恩报考无线第一期艺员进修班，成为旗下艺员 。
1984年，龚慈恩参演汪明荃主演的电视剧《秋瑾》，饰演秋瑾的同学；同年在苗侨伟、翁美玲主演的古装武侠电视剧《楚留香之蝙蝠传奇》中饰演华真真。
1985年5月，与周润发、关礼杰一起出演《大香港》，饰演女主角舒薇 ；同年9月，参演TVB台庆剧《杨家将》饰演杨四娘。
1988年，参演电视《飞虎群英》，饰演从大陆偷渡到香港的舞女艾丽塔，与关礼杰饰演的黑帮大哥刘传亨有感情戏。
1990年，龚慈恩赴中国长春拍摄金庸武侠剧《雪山飞狐》，一人分饰程灵素和冰雪儿两个角色
1995年，龚慈恩应邀赴马来西亚拍剧，主演《蒲公英》、《最爱是谁》和《豪门劫》等电视剧。
1996年，参演张卫健版《西游记》饰演观音。
1997年，龚慈恩接拍亚视武侠剧《雪花神剑》，饰演聂小凤。
2010年2月，参演的情景喜剧电视剧《跟红顶白大三元》在江苏综艺频道开播，饰演马玲珑。
2012年初，客串邵氏贺岁片《 2012我爱香港喜上加囍》；同年，加盟王维基的香港电视HKTV。
2016年，参演电视剧《我的1997》，饰演李太太。
2017年8月30日，参演的电视剧《那年花开月正圆》播出，剧中饰演郑氏 。
2020年，参演的TVB民初家族剧《大酱园》开播，龚慈恩饰演万家大太太席德容 ；12月7日，主演的爱情小品剧《香港爱情故事》播出 。
2021年6月14日，主演的家庭伦理剧《宝宝大过天》播出 。
龚慈恩于1999年结婚 ，丈夫是中国台湾演员林炜，育有一子一女 ，2019年9月承认早已分居在办离婚。
2006年5月14日，龚慈恩与李逸朗(Don)、蒋雅文(Mandy)、邓颖芝等出席“领汇世界杯潮爆母亲大奖赏” 。2007年5月13日，龚慈恩、吴夏萍及吴日言偕儿子出席《童心歌颂妈妈好嘉年华》活动 。2008年5月17日，“阅读马拉松”筹款活动于沪江维多利亚书院举行，龚慈恩、杨小娟及汪诗诗均偕在该校就读的子女出席 。
2015年7月26日，龚慈恩与石修、石修之子儿子陈宇琛、港姐邵佩诗及何艳娟等，到南华会出席“东华三院保龄球慈善赛” ；9月5日，龚慈恩与石修与及其儿子陈宇琛一齐出席慈善活动，并担任大使让大众认识及接纳认知障碍症患者 。