童第周历任山东大学副校长、中国科学院生物学部主任、中国科学院海洋研究所所长、中国科学院副院长等职，并当选为第三届至第五届全国人民代表大会常务委员会委员，第五届全国政协副主席，中国海洋湖沼学会副理事长等职务。
1978年，在全国科学大会上，童第周被授予全国科学技术先进工作者称号。
童第周鞠躬尽瘁，把一生都无私地奉献给了祖国的生物科学和海洋事业，真正实践了他"有生之年，为国家，为人民多做工作"的入党誓言。（浙江省社会科学院评）
童老是我国著名的生物学家、我国实验胚胎学的主要开创人和优秀的教育家。在我国科学界群星灿烂的太空里，他是一颗光芒夺目的大星。（人民网评）
童第周先生无论在从事教育还是从事科研工作时，以非凡的努力，培养出一批知名科学家，为发展中国的科学事业作出了建树。现在，童第周先生的学生，以及他的学生的学生，第三代、第四代学生，遍布国内外。童第周先生开创的科学事业正在蓬勃发展，方兴未艾。童第周先生几十年如一日，忘我地战斗在科研工作第一线，他不以“大科学家”自居，经常亲自动手做实验，看结果写论文，事必躬亲，为广大科研人员做出了榜样，得到广大科技工作者的爱戴和敬重。（新华社青岛支社社长张荣大评）
童第周、叶毓芬二人被誉为中国生物学界的“居里夫妇”。
座谈会
2002年，童第周诞辰100周年纪念座谈会在北京全国政协礼堂举行。时任中共中央政治局常委、全国政协主席李瑞环出席座谈会。
2012年，为纪念童第周先生诞辰110周年，中国科学院海洋研究所和民盟青岛市委在青岛举办了以“弘扬童第周先生科学精神，促进海洋科学事业发展”为主题的座谈会。图片展
2012年10月26日，山东大学举办了纪念童第周先生诞辰110周年图片展。
雕塑
2005年7月，童第周雕塑在宁波高教园区院士雕塑园内“安家落户”。
2008年5月，童第周雕塑于青岛职业技术学院图书馆广场台阶处落成。
铜像
2012年10月20日，宁波效实中学建校100周年庆典活动举行，并举行童第周先生铜像揭幕仪式。