卓文萱在其著作《GENIE 卓文萱 1986の独立萱言》中写到，2005年，19岁的卓文萱与比自己相差大十四岁的吉他手杨声铮恋爱，后二人分手 。
2021年3月20日，卓文萱在接受某媒体专访时，承认自己与小6岁的男演员许少瑜的恋情，并坦言两人已经交往一年多，状态稳定 。
2008年11月9日，担任雨天街头募款代言人、红心字会公益大使，为弱势儿童在街头募款 ；12月13日，参加由肯爱协会主办的“第三届拥抱爱：忘忧880 用爱抱抱您”活动，并担任台北关怀忧郁症患者活动代言人，呼吁民众关怀忧郁症患者。
2009年6月9日，担任《让爱转动整个宇宙》群星代言人，并录制了一首公益歌曲《让爱转动整个宇宙》来纪念并见证台湾人在台湾九·二一地震灾难过后坚强的生命力 。2010年1月，卓文萱前往红心字会老人服务中心探视失智老人，并在庆生会现场，将专辑销售所得的六十万元捐款给弱势家庭 ；3月，与餐饮店连手做公益，为贫童筹募营养餐费 。
2012年11月20日，参加某品牌与台湾世界展望会合作举办的“用最浓的爱 拥抱全世界”爱心募集成果记者会，并捐出10顶“Genie亲笔签名变身潮流帽”提供义卖，希望能透过爱心义卖，倡导并推动公益 。2013年，赴越南举办“爱在越南 甜心卓文萱，甜心演唱会”，为越南故乡人道孤儿院筹募社会资源，关怀当地弱势儿童 。
卓文萱是一个很用功刻苦的女孩子，对事业和感情都很认真，同时也比较容易受伤 。她一直就是摩羯座的典型代表，摩羯女孩的特质在她的身上表露无疑。她坚强勇敢、内心淡定，言谈丝丝入扣，当以干净清爽的着装配上一袭直长发时，会有一份貌似传统的矜持，颇受男生喜欢。无论是平日还是演唱会及各种通告，她总是有自己独到的品位，简单又不落于俗套，加上其活泼阳光的性格，就像是人见人爱的小精灵。此外，演唱会上的她身着一身白色裙装，泡泡袖和领口的玫瑰设计让她看起来既可爱又个性十足 。（吴克群、环球娱乐在线评）