1946年2月7日，生于成都。
1963年，毕业于成都华西中学（原成都十三中） 朱清时
1968年，毕业于中国科学技术大学近代物理系。
1968年12月，分配到青海西宁山川机床铸造厂工作，先后当过工人和计划员。
1974年12月，调入中国科学院青海盐湖研究所，开始从事激光分离同位素重大项目研究，1996年成为项目负责人和学术带头人。
1979年，朱清时成为改革开放后第一批出国留学人员中的一员，1982年回国。
1984年08月，调到中国科学院大连化学物理研究所，先后担任课题组长、研究室主任、副研究员、研究员。
1987年，任中国科学院大连化学物理研究所研究员。
1991年，当选为中国科学院院士。
1994年07月，开始在中国科学技术大学从事教学科研工作，主持创建中国科学院选键化学重点实验室。
1996年08月，任中国科学技术大学副校长。
1998年06月，任中国科学技术大学校长。
1999年05月，任国务院学位委员会委员。
2001年，当选为第三世界科学院院士。
2008年09月，卸任中国科学技术大学校长。
相继担任第八、九届全国人大代表、第十届、十一届全国政协委员，国务院学位委员会委员，国务院参事室特邀研究员。
2009年02月，正式受聘为四川大学教授，9月起开始带博士生。
2009年9月，被深圳市政府聘为南方科技大学校长。
2011年7月，任南方科技大学(临时)党委书记。
2014年1月，不再兼任中共南方科技大学委员会书记。
2014年9 月，卸任南方科技大学校长。
朱清时
朱清时还先后担任中国化学会常务理事、科技史与科技考古方向教授和博士生导师、科技史与科技考古系主任、中国科技史学会副理事长等社会职务。在国际上还兼任以下学术职务：
美国加州大学圣巴巴拉分校和麻省理工学院作访问学者。
美国布鲁克海文实验室和加拿大国家研究院作客座科学家。
法国格林罗布尔、第戎和巴黎十一大学作客座教授。
芬兰赫尔辛基大学客座教授。
英国诺丁汉大学中国校区名誉科学博士。
英国皇家学会客座研究员在剑桥、牛津和诺丁汉大学工作。
英国皇家化学学会会员（FellowofRoyalSocietyofChemistry）。
国际纯粹与应用化学联合会会员（FellowofIUPAC）暨物化部理事。
东亚地区研究型大学校长联合会（AEARU）理事、副主席、主席。
朱清时作为中国改革试验田——南方科技大学的首任校长，创新地推出“先行先试，自主招生，自授学位，自颁文凭”的办学模式，引起社会强烈关注，成为中国教育改革的风云人物。