锦衣卫审查无果转交刑部依旧无果，嘉靖(王卞 饰)考虑自己的名声，偏偏不处死海瑞(杨立新 饰)。八九个月后，戴凤翔(蔡国庆 饰)进入吏部，和徐瑛(王安秋 饰)想办法上疏解决海瑞仍在狱中之事。戴凤翔决定离开徐府回到公廨，但上疏失败之后的杖刑让戴凤翔的人生观彻底改变。嘉靖在祭拜上天之后一病不起，徐阶(胡庆树 饰)秘密地让张居正(毛菁 饰)仿拟遗旨。
嘉靖45年12月，嘉靖驾崩后，皇宫的道士被驱，裕王(乾需 饰)即位，黄锦(杨洪涛 饰)自杀。张居正前往邢部死牢见海瑞，谈论事态的变迁。